1.完成儀器維護，將所有的加熱區冷卻降溫。
2.蘭化所毛細管柱安裝載氣凈化裝置去除載氣中的水、氧氣等以延長柱子壽命；并定期更換。
3.進樣墊和襯管要定期更換，以免漏氣及污染物沉積，導致老化時基線不穩并影響分析工作。
4.檢查毛細管柱有否斷裂或損傷。從柱子兩端割掉1-2cm，通常使用毛細管切割器或其他切割器（切割后用放大鏡檢查切口平整，否則從新切割）。
5.保持柱端向下，以免碎屑進入毛細管柱內，套上一個螺帽和一個新的卡套，套入距離按所用氣相色譜儀要求的插入距離為準。
6.套管安裝好后，檢查是否在套入螺帽和卡套時因用力不當折斷毛細管端口；如是，按步驟4要求切割柱進樣端口，并將螺帽和卡套位置相應后移。
7.插入柱子進樣端到進樣口，并確保插入位置適當。
8.用手擰緊螺帽，直到柱子剛好不上下滑動。通常再用扳手多擰緊四分之一圈。
9.接通載氣并調節載氣壓力以得到合適的流速。
10.蘭化所毛細管柱將柱子另一端浸入無毒溶劑中觀察冒泡以檢查是否有載氣通過（以免漏氣狀況導致柱內無載氣通過而受熱損傷柱子）。檢查過后將毛細管端口擦拭干凈，保證柱端無溶劑殘留，再進行下一步安裝。
11.安裝柱子檢測端到檢測器位置，方法同進樣端安裝（參考5-9步驟）
12.根據分析方法和測試報告調整分流和隔膜吹掃隔墊流量。
13.蘭化所毛細管柱對進樣口和檢測器進行檢漏。
14.蘭化所毛細管柱進常規標準樣品或特定混標檢測峰形是否正常。如果所有峰形有托尾，再次檢查進樣端是否旋緊吻合。如果出峰慢，檢查檢測器設備和流速。每一根新柱都有柱性能測試圖，在相同實驗條件和測試樣品的條件下，我們應該得到與標準測試相同或相似的圖譜。如果實驗重復差，請檢查并解決問題。
15.蘭化所毛細管柱校對儀器并進行樣品分析。